L'Unione Sportiva Catanzarese nacque nel 1929 dalla fusione di altre due realtà calcistiche della città: la Scalfaro e la Braccini. Lo stemma della neonata società fu fin dalle origini l'aquila imperiale concessa alla città di Catanzaro dall'imperatore Carlo V. I colori furono subito il giallo ed il rosso.

Dopo i primi anni di militanza nelle categorie inferiori, il Catanzaro disputò il primo vero campionato di una certa rilevanza nella stagione 1932-33, culminata con la prima storica promozione in Serie B. Dopo una retrocessione lampo la Serie B tornò in Calabria 2 anni dopo. Cominciarono i problemi finanziari destinati ad avere uno spazio importante nella storia giallorossa e per 6 anni, dal 1939 al 1945 il sodalizio non fu attivo.

Riprese le ostilità, il Catanzaro nella stagione 1952-53 sprofondò per la prima volta nella sua storia in IV Serie, all'epoca ultimo livello del campionato italiano di calcio. Data storica per i colori giallorossi fu il 1958, anno in cui salì alla carica di presidente Nicola Ceravolo. Nei due anni successivi il Catanzaro conquistò la quarta promozione della sua storia in Serie B e si trovò a disputare e vincere per la prima volta un torneo internazionale, la Coppa delle Alpi. Nella stagione 1965-66 le Aquile, sconfiggendo in semifinale la Juventus[2], arrivarono a contendersi la Coppa Italia contro la Fiorentina. L'esito dell'incontro sorrise però ai gigliati che s'imposero per due marcature a uno.

Solo cinque anni più tardi il Catanzaro sotto la guida di Gianni Seghedoni venne promosso per la prima volta della sua storia in Serie A, battendo il Bari nel decisivo spareggio di Napoli grazie a un gol a dieci minuti dal termine dell'incontro di Angelo Mammì. Fu la prima volta che una squadra calabrese si affacciò in massima serie. Ai grandi festeggiamenti in tutta la penisola da parte dei numerosi supporters giallorossi[4] si contrappose una stagione non esaltante. La permanenza infatti durò un anno soltanto, anche se i calabresi ebbero modo di togliersi qualche grande soddisfazione come la storica vittoria per uno a zero contro i futuri campioni d'Italia della Juventus. Ancora una volta a decidere l'incontro fu Angelo Mammì. Nell'estate successiva i giallorossi si recarono negli Stati Uniti per disputare alcune amichevoli internazionali. Partita rimasta impressa nella storia della squadra calabrese fu il match giocato contro il Santos del fuoriclasse verdeoro Pelè. 

Trascorsero due anni in Serie B, quando Gianni Di Marzio prese le redini della squadra, portandolo a giocarsi la Serie A nella stagione 1974-75. Fu acquistato Massimo Palanca[5], destinato in futuro a diventare la bandiera della sua squadra. Questa volta lo spareggio promozione fu fatale ai giallorossi, che a Terni furono sconfitti dal Verona.

I festeggiamenti furono però rinviati di un anno soltanto, infatti la stagione seguente coronò gli sforzi del Catanzaro, proiettandolo per la seconda volta della sua storia in massima serie.[6] Anche la seconda stagione in serie A culminò con la retrocessione. Tuttavia nella stagione successiva fu centrata ancora la promozione e questa volta il Catanzaro si assestò in massima serie.[7] Furono disputate 5 stagioni consecutive nell'olimpo del calcio italiano, e sotto la presidenza di Adriano Merlo le aquile raggiunsero il settimo posto nelle stagioni1980-81 e 1981-82. Questi ottimi campionati valsero al sodalizio il soprannome di Regina del Sud. 

Nella Coppa Italia 1981-1982 il Catanzaro si trovò ancora una volta a giocarsi la finale contro una grande squadra. Questa volta l'ostacolo era rappresentato dall'Inter. L'andata a San Siro incoronò i nerazzurri che s'imposero per due a uno. Il ritorno al Comunalefu combattuto e la compagine locale prevalse 3-2, con una grande prestazione collettiva, risultato che sanciva comunque il passaggio del turno dell'Inter. 

Nella stagione 1982-83 furono totalizzati solamente 19 punti in classifica. Verdetto che sanciva il ritorno del Catanzaro in Serie B dopo 5 anni consecutivi in massima serie. Seguì un'altra retrocessione che spedì i calabresi dritti in Serie C.[8] Tuttavia la serie cadetta fu riconquistata nella stagione 1984-85. Nel frattempo Pino Albano rilevò la società. Seguì un'immediata retrocessione e una successiva riconferma che portò ancora le aquile in B nella stagione 1986-87. 

L'illusoria stagione 1987-88 portò nuovamente i giallorossi ai vertici della classifica. La serie A questa volta sfumò per un solo punto. Decisivi furono l'errore dal dischetto di Palanca, nella casalinga sfida con la Triestina,[10] e il gol a tempo scaduto di Paolo Monelli[11] nel pareggio casalingo con la Lazio, rivale per la promozione. La stagione successiva vide l'avvicendarsi in panchina dell'artefice della prima promozione in serie A della storia dei calabresi, Gianni Di Marzio. Fu una salvezza stentata ma l'episodio che contraddistinse quell'anno fu la roboante tripletta della stesso Palanca ai danni degli odiati cugini del Cosenza, in un derby casalingo.[12] Una seconda tripletta contro l'Udinese valse la salvezza.[13]

La retrocessione arrivò tuttavia la stagione seguente quando il catanzarese Fausto Silipo non riuscì ad evitare il ritorno in Serie C. Quell'anno sancì il ritiro dal calcio giocato di Massimo Palanca. Un'altra retrocessione la stagione successiva condannò i calabresi a dodici anni consecutivi di militanza in Serie C2.[14] Decisivi furono i 3 punti inflitti al Catanzaro dalla CAF per tentata corruzione prima di un match contro la Ternana.

Nel 1995 Pino Albano lasciò la presidenza a Giuseppe Soluri. In questi anni i giallorossi mancarono per 2 volte l'accesso in Serie C1 In finale di play-off. Nella stagione 2000-01 a festeggiare al Ceravolo fu il Sora[15] mentre due anni più tardi fu l'Acireale ad imporsi.[16] Tuttavia quello stesso anno un ripescaggio accolse le aquile in Serie C1.[17] La successiva stagione di vertice, culminata con la trasferta di Ascoli contro il Chieti davanti a 16.000 tifosi calabresi, sancì dopo 14 anni la promozione del Catanzaro in Serie B. Seguirono 2 disastrose stagioni nel campionato cadetto che comportarono un ripescaggio prima[18] e il fallimento societario dopo, nell'estate del 2006.[19] Alla guida del sodalizio giallorosso c'era Claudio Parente che aveva preso la presidenza nel 2003.

Appellandosi al lodo Petrucci la neonata società Football Club Catanzaro, poté iscriversi in Serie C2. Seguirono 5 stagioni povere di emozioni, che videro i giallorossi uscire sconfitti dai play-off per il salto di categoria per due anni di seguito.[20][21] La stagione successiva L' Effecì afflitta da problemi economici[22] terminò il campionato in ultima posizione, ma ancora una volta fu salvata da un ripescaggio. Nell'estate del 2011 l'imprenditore reggino Giuseppe Cosentino rilevò la società[23] acquistando lo storico marchio dell' U.S. Catanzaro,[24] salvandola dalla scomparsa e portandola, nel giro di un anno alla promozione in Lega Pro Prima Divisione.[25] Nella stagione successiva il Catanzaro conquistò la salvezza grazie al decimo posto nella regular season.